Die Unterweisung in der christlichen Religion
Calvin gehört der auf Luther und Zwingli folgenden Generation von Reformatoren an. Ihm geht es nicht darum, ein völlig neues Denkgebäude zu erschaffen ; er will die neuen Ansichten seiner Vordenker in einen stimmigen Gesamtzusammenhang bringen. Die Klarheit der Darstellung seiner Lehre trägt zum Einfluss Calvins bei.
Von Luther übernimmt er die Botschaft vom Heil ohne Verdienst, das in Jesus Christus dem Gläubigen zuteil wird. Wie Luther betont er die Rechtfertigung allein durch den Glauben (sola fide) und nicht durch Werke. Während bei Luther jedoch Jesus Christus im Mittelpunkt der Verkündigung steht, bezieht sich Calvin in der Nachfolge von Zwingli eher auf Gott, dem allein Ruhm und Ehre gebührt (soli Deo gloria : Gott allein sei Ehre).
Der Glaubenssatz vom Heil ohne Verdienst mündet für Calvin in die Lehre von der doppelten Prädestination (Vorherbestimmung) : Gott erwählt die einen zur Erlösung und die anderen zur Verdammnis. Aus der Prädestinationslehre haben die reformierten Christen große Kraft geschöpft. Sie ist für sie eine Quelle der Freude : an dem ihn erfüllenden Glauben erkennt der Gläubige, dass er von Gott erwählt ist. Calvin betont die Verdorbenheit des Menschen seit dem Sündenfall, um die Größe Gottes und die Gnade des Heils hervorzuheben.
Wie für Luther ist auch für Calvin die Schrift die einzige Grundlage der Wahrheit (sola scriptura). Bei dem Studium der Bibel wendet Calvin jedoch die Methoden der Humanisten an.
Wie Luther und Zwingli leugnet Calvin das Fegefeuer und lehnt die Totengebete sowie die Verehrung der Heiligen ab, da diese keinerlei Macht haben, zwischen Gott und dem Menschen als Mittler zu wirken.
Die Kirchlichen Verordnungen
Calvin erkennt, wie die Reformatoren vor ihm, zwei Sakramente an : die Taufe und das Abendmahl. In der Abendmahlslehre rückt er jedoch von Luther ab und nähert sich Zwingli an. Luther und Calvin bestreiten den katholischen Glaubenssatz der Transsubstantiation (Substanzveränderung, bei der sich Brot und Wein in Leib und Blut Christi verwandeln), aber für Luther ist Christus im Abendmahl leiblich gegenwärtig in Brot und Wein (Realpräsenz). Calvin lehrt dagegen, dass Christus während des Abendmahls durch die Kraft des Heiligen Geistes im Glauben gegenwärtig ist (Spiritualpräsenz).
Calvin erklärt seine Ekklesiologie in den 1541 in Genf erlassenen „kirchlichen Verordnungen“ (Ordonnances ecclésiastiques).
Er regelt die Verwaltung der Kirche und ihre Stellung gegenüber den politischen Autoritäten. Damit legt er den Grundstein für die noch heute gültige Verfassung der Reformierten Kirche, deren Angelegenheiten von den Pastoren (Leitung des Gottesdienstes und Verkündigung des Wortes), den Doktoren (theologischer Unterricht), den Kirchenältesten (Organisation des Gemeindelebens) und den Diakonen (Organisation des kirchlichen Armenwesens) geregelt werden.
Calvin unterscheidet zwischen kirchlicher und politischer Macht. Die Kirche erhält bei ihm eine gewisse Unabhängigkeit vom Staat.
