Unterweisung in der christlichen Religion (Institution de la Religion chrétienne)
Die Unterweisung ist das Meisterwerk von Calvin, an dem er sein ganzes Leben lang gearbeitet hat. Es hat die Form eines Handbuches der christlichen Lehre.
Kirchliche Verordnungen (Ordonnances ecclésiastiques)
In dieser Schrift wird die Organisationsform der Reformierten Kirche festgelegt und das Verhältnis zwischen Kirche und Staat bestimmt.
Brief an Sadolet (Épître à Sadolet, 1539)
In dieser Schrift greift Calvin einen der angesehensten Würdenträger der Römischen Kirche an, der versucht hatte, Genf in den Schoß der katholischen Kirche zurückzuführen. Calvin antwortet hierauf aus seinem Straßburger Exil, wobei er die gesamte Christenheit zum Zeugen aufruft. Wie vor ihm schon Luther stellt Calvin das persönliche Gewissen der Autorität der kirchlichen Obrigkeit gegenüber. Die eigentliche Aufgabe des Menschen ist es, Gott zu loben, nicht aber, für Seelenheil zu sorgen.
Kleine Abhandlung über das Abendmahl (Petit traité de la Cène, 1541)
Hier versucht Calvin, eine Lösung im Konflikt zu finden, der die Kirchen der Reformation voneinander trennt. Für Calvin ist Jesus Christus im Abendmahl wahrhaftig zugegen, aber nicht leiblich, sondern geistlich. Das Abendmahl stärkt den Glauben der Christen.
Abhandlung über die Reliquien (Traité des reliques, 1543)
Diese Schrift zählt die in Europa verehrten Reliquien (körperliche Überreste eines Heiligen oder Überreste seiner Kleidung, seiner Gebrauchsgegenstände oder seiner Marterwerkzeuge) auf, um die Unsinnigkeit der ihnen entgegengebrachten Verehrung zu verdeutlichen. So schreibt Calvin zum Beispiel über die „Milchtropfen der Heiligen Jungfrau“, die zu zahlreich sind, um echt zu sein : „so viel steht fest : selbst wenn die Jungfrau eine Kuh gewesen wäre und wenn sie ihr ganzes Leben lang eine Amme gewesen wäre, so hätte sie doch kaum eine derartige Menge hervorbringen können“.
„Anstatt Jesus Christus in seinen Worten, in seinen Sakramenten und den geistlichen Bezeugungen seiner Gnade zu suchen, ergötzt sich die Welt auf ihre Art an seinen Gewändern, Hemden und Umhängen“.
Entschuldigungsschreiben an die Nikodemiten (Excuse aux Nicodémites, 1544)
Calvin vergleicht die französischen Protestanten, die ihren Glauben nur heimlich bekennen, mit Nikodemus, der Jesus in der Nacht aufsuchte, um nicht erkannt zu werden (Johannes-Evangelium, Kapitel 3). Calvin verurteilt diese Heimlichtuerei.
