Die Verwendung der Klagen des Klerus
1661 beginnt die Alleinherrschaft Ludwigs XIV. Der König hat die Absicht, der katholischen Kirche jene wieder zuzuführen, die von ihr getrennt waren. Das ist für ihn eine notwendige Bedingung für die Einheit seines Reiches.
Die Umsetzung dieser Absicht geht weiter, selbst als sie äußeren Umständen angepasst werden muss. So verlangsamt sie sich während des Krieges mit Spanien (1667-1668) und mit Holland (1672-1678), der mit dem Frieden von Nimwegen endet. Ludwig XIV., der Sieger, befindet sich da auf dem Höhepunkt seiner Macht, wird frömmelnd und nimmt die Politik der juristischen Verfolgung wieder auf.
Der König ernennt Kommissare, die den Auftrag haben, die Klagen des Klerus zu untersuchen, die ihm nach der Bischofskonferenz von 1656 übermittelt wurden. Ab 1665 wird das Amt des königlichen Kommissars den Intendanten in den Provinzen übertragen.
Mehrere kirchliche Juristen rechtfertigen eine strenge Auslegung des Edikts von Nantes mit der Begründung, dass es die ‚vorgeblich reformierte Religion‘ in Kriegszeiten abgetrotzt hat.
Es entsteht eine Gesetzgebung, die durch eine ganze Reihe von Verfügungen des königlichen Staatsrats und königlichen Deklarationen – mindestens 75 zwischen 1661 und 1678 und etwa hundert zwischen 1679 und 1685 – das Edikt Stück für Stück aushöhlt.
Die Ausübung des Glaubens und die Unterweisung
Auf Anweisung des Klerus der Diözesen stellen die Kommissare eifrig Untersuchungen über die Ausübung der reformierten Religion an. Im Fall von Unregelmäßigkeiten werden Tempel geschlossen, besonders wenn die Protestanten ihre Existenz vor 1596 oder 1597 nicht nachweisen können. Es bleibt dann nur noch der wenig erfolgversprechende Appell an den königlichen Staatsrat. Innerhalb von fünf Jahren werden 250 von 700 Tempel geschlossen und manchmal zerstört, wie derjenige von Saint-Hippolyte-du-Fort (Gard). Diese Maßnahmen werden 1661 durch das Verbot ergänzt, Psalmen außerhalb der Kirchen zu singen, und 1663 durch das Verbot, in der Nähe von Tempeln zu predigen, die auf Anordnung des Königs geschlossenen wurden.
Protestantische Bestattungen dürfen nur noch nachts und mit wenigen Trauergästen stattfinden. Gottesdienste in den Herrensitzen protestantischer Landadliger werden 1682 eingeschränkt, dann 1684 abgeschafft.
Die reformierten Schulen werden verboten, danach zwischen 1681 und 1685 die Akademien, in denen die Pastoren ausgebildet werden. Damit soll die Generationenfolge der Pastoren unterbrochen werden.
Zugang zu Ämtern und Würden
Es trifft die Protestanten auch in ihrem bürgerlichen und beruflichen Leben. Sie werden allmählich von Ämter in der Stadtverwaltung und der Justiz ausgeschlossen. Die reformierten Juristen arbeiten dann als Anwälte, bis ihnen auch dieser Beruf 1685 untersagt wird.
Ab 1664 werden die Protestanten von den meisten Zünften und vor allem den freien Berufen im Gesundheits- und Verlagswesen ausgeschlossen.
Die Gewissensfreiheit
Die sehr genauen Verfügungen des Edikts von Nantes hinsichtlich der Gewissensfreiheit werden nicht mehr eingehalten. 1663 sollen harte Strafen verhindern, dass die Neukonvertierten zur ‚vorgeblich reformierten Religion‘ zurückkehren.
1680 werden Übertritte zum Protestantismus verboten, um gemischte Ehen zu unterbinden.
Die eigene Wohnung ist kein Schutz mehr vor ‚Bekehrern‘. 1666 dürfen katholische Gemeindepfarrer protestantische Kranke aufsuchen, um sich zu vergewissern, dass diese in der ‚vorgeblich reformierten Religion‘ sterben wollen. Aber 1669 soll der Gemeindepfarrer in Begleitung eines Beamten seinen Krankenbesuch vornehmen. 1680 wird den Richtern der Auftrag erteilt, sich zu den Kranken zu begeben und einen Geistlichen zu rufen.
1681 können den Eltern ihre Kinder weggenommen werden, um diese bei einem katholischen Verwandten, in einer Jesuitenschule (Jungen) oder im Kloster (Mädchen) erziehen zu lassen. Ihre Bekehrung wird ab sieben Jahren als gültig anerkannt.