Ab 1530 bürgert sich die reformatorische Denkweise Luthers in Alès ein
Diese Entwicklung verstärkt sich eindeutig ab 1545. Nachdem Alès Sicherheitsplatz geworden ist, wird es eine der Festungen des Protestantismus. Für ihren Gottesdienst besetzen die Gläubigen die katholische Kapelle der Cordeliers, dann die der Dominikaner und die 1472 erbaute Kirche Saint-Jean. Das Edikt von Amboise (1553) erlaubt den Protestanten, ihren eigenen Gottesdienst auszuüben. Sie verlassen also die katholischen Räume.
Die erste protestantische Kirche wird 1577 gebaut
Sie kann 5 000 bis 6 000 Gläubige aufnehmen. Sie wird durch fünfzehn rechteckige Fenster erleuchtet. Ihre Fassade mit drei Eingangstüren ist gewaltig. Ein Glockenturm dominiert das Bauwerk.
Auf dem Frontalstein ist eine Inschrift angebracht : „Meine Schafe hören meine Stimme, und ich kenne sie, sie folgen mir, und ich gebe ihnen das ewige Leben.“
1629 besetzt Ludwig XIII. die Stadt und unterzeichnet dort am 16. Juni den „Frieden von Alès“. Richelieu wohnt in Alès in der Auberge du Coq Hardi.
1685 führt die Widerrufung zur Zerstörung des Bauwerkes. Erst mit der Revolution finden die Protestanten wieder eine Kultstätte. 1792 wird ihnen die 1707 auf der ehemaligen protestantischen Kirche errichtete Kapelle der Pénitants zugewiesen. Sie wird 1864-65 zerstört, um die heutige protestantische Kirche zu errichten.
