La sobriété de l’édifice illustre l’idéal de pauvreté de cet ordre. En 1331, Saint-Guillaume devient la paroisse des corporations des bateliers et des pêcheurs comme en témoigne l’ancre qui orne la pointe du clocher.

Le culte protestant y est célébré à partir de 1534. Le monastère attenant abrite désormais l’internat de la Haute école, aujourd’hui gymnase Jean Sturm. La tradition musicale est ici très présente.

En 1895, Eugène Munch fonde un chœur paroissial qui contribue à la redécouverte de la musique de Jean Sébastien Bach. Cet ensemble dont Albert Schweitzer est l’organiste acquiert une renommée internationale. Chaque vendredi saint, la paroisse présente une remarquable Passion du maître allemand.