Dédiée à la communauté des pénitentes de Marie-Madeleine qui incarne la résistance au protestantisme, elle héberge en juin 1533 le premier synode protestant de Strasbourg sous la présidence de quatre délégués du magistrat.

Le synode adopte seize articles qui expriment la foi des protestants locaux. Il procède à l’évaluation des ministres du culte. Il engage également un débat avec les dissidents qui s’opposent à certaines décisions doctrinales, à la discipline et à l’emprise des autorités civiles sur l’Église. Fruit de ces débats, la première Ordonnance ecclésiastique de Strasbourg est adoptée en 1534.

L’église brûle en 1904. Seul le chœur médiéval est conservé, un nouvel édifice prenant la place de l’ancienne nef.