Im 16. Jahrhundert ist das Elsass ein stark zerstückeltes Gebiet des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation. Die Reformation dringt sehr früh dort ein und setzt sich schnell in den meisten Fürstentümern und Städten fest. Der Katholizismus hält sich vor allem in den Besitztümern der Habsburger und des Herzogs von Lothringen. In Straßburg ist die Reformation lutherisch mit einer gemäßigten Haltung, der Protestantismus blüht dort dank des Reformators Martin Bucer. Jener nimmt hugenottische Flüchtlinge auf und geflüchtete Wiedertäufer aus der Schweiz. Unter ihnen wird sich eine Amish –Gemeinde in dem Tal von Saint-Marie-aux- Mines niederlassen.
Im 17. Jahrhundert endet der Dreißigjährige Krieg (1618-1648) mit dem Westfälischen Friedensvertrag: der größte Teil des Elsass wird Frankreich angegliedert und die freie Religionsausübung wird anerkannt. Die völlige Angliederung mit Ausnahme von Mühlhausen findet mit der Kapitulation von Straßburg 1681 statt. Die Bestimmungen der Aufhebung des Edikts von Nantes (1685), die innerhalb Frankreichs gelten, werden nicht angewandt. Das Elsass war nicht im französischen Reich bei der Unterzeichnung des Edikts 1598. Aber bis zu seinem Tod 1692 führt Louvois eine Zwangspolitik gegen die Protestanten und begünstigt ihre Bekehrung zum Katholizismus.
Im 18. Jahrhundert wird die Zwangspolitik gegen die Protestanten im Elsass, die schon am Ende des 17. Jahrhunderts abgeschwächt worden war, allmählich aufgegeben. Der Prunk bei der Beerdigung des Marschalls von Sachsen (17451), der lutherisch geblieben war, ist ein Symbol dafür. Die neuen Ideen der Revolution werden zunächst mit Wohlwollen aufgenommen von starken Persönlichkeiten wie Oberlin und Blessig. Als die Zeit der Entchristianisierung und der Festnahme der „Verdächtigen“ anbricht, werden die Gottesdienste oft verboten; das religiöse Leben geht zuweilen versteckt in Clubs weiter.
