En plus de ses responsabilités pastorales, Alexis Muston a de nombreuses occupations : médecin, il soigne gratuitement les gens du pays. Il utilise les plantes, c’est un adepte convaincu de l’homéopathie. Au cours de ses promenades en montagne, il herborise. Son très bel herbier a été conservé.
Historien, il écrit une histoire des Vaudois, L’Israël des Alpes (1851). Il correspond avec les sommités littéraires de son temps : Hugo, Michelet, Lamartine, Dumas, Sand, et bien d’autres.
Bibliophile, il détient une bibliothèque d’environ 500 titres.