Neben seinen pastoralen Aufgaben hat Alexis Muston zahlreiche weitere Tätigkeiten: Als Arzt behandelt er die Menschen der Region unentgeltlich. Er verwendet Pflanzen und ist ein überzeugter Anhänger der Homöopathie. Während seiner Wanderungen in den Bergen sammelt und bestimmt er Pflanzen. Sein sehr schönes Herbarium ist erhalten geblieben.
Als Historiker verfasst er eine Geschichte der Waldenser, L’Israël des Alpes (1851). Er steht im Briefwechsel mit den bedeutendsten Literaten seiner Zeit: Hugo, Michelet, Lamartine, Dumas, Sand und vielen anderen.
Als Bibliophiler besitzt er eine Bibliothek mit etwa 500 Titeln.