Au XVIe siècle, la Réforme atteint l'Auvergne, mais ne s'implante pas
Au Puy-de-Dôme, dès 1537, un livre suspect est brûlé à Clermont-Ferrand. En 1547, à Issoire, Jean Bruguière est brûlé vif comme hérétique. Entre 1549 et 1559, une poignée d’auvergnats émigre vers Genève.
Maringues, dont la communauté est protestante à 75 %, a un temple et deux pasteurs.
En 1554, au Puy, une partie notable des artisans, bonnetiers et couteliers, célèbrent le culte réformé.
Avant 1555, plusieurs habitants y sont suppliciés comme hérétiques. Le plateau de Haute-Loire est acquis à la Réforme dès 1560. À Saint-Voy, le curé, qui est aussi celui du Chambon-sur-Lignon, passe à la Réforme après un séjour à Genève.
À Issoire, les guerres de religion laissent des traces irréparables : prise en 1575 par le capitaine Merle, huguenot, elle est ensuite ravagée par les troupes catholiques du duc d’Anjou lors de sa reprise.
L’Édit de Nantes concède aux réformés un temple à Paillat ; à Parentignat un lieu de culte est autorisé aux familles protestantes de la région d’Issoire, dans une maison privée.
À La Gazelle, en Haute-Auvergne, un autre lieu de culte accueille les fidèles dispersés entre Aurillac et Brioude.
En Haute-Loire, l’application de l’Édit de Nantes n’est pas favorable aux protestants. Seules subsistent au XVIIe siècle, les communautés du Chambon-sur-Lignon et du Mazet-Saint-Voy. À l’exception de ces dernières, au XVIIe siècle, l’ensemble de ces petites communautés représente environ 4 000 protestants. Un certain « modus vivendi » s’installe jusqu’en 1660 environ. Mais, dès 1683, avant la Révocation, la résistance passive des populations selon le mot d’ordre de Claude Brousson s’organise. On prêche sur les « masures des temples » lorsque ceux-ci sont démolis.
À la Révocation, les protestants abjurent en masse. Puis la vie religieuse se recrée, les assemblées secrètes du Désert se tiennent autour du Chambon. Avant même l’Édit de Tolérance de 1787, les protestants réformés étaient acceptés et pouvaient se réunir. En 1802 on dénombre 2200 protestants à Saint-Voy, 1984 pour le Chambon, mais dans l’ensemble de l’Auvergne ne subsistent qu’une centaine de protestants presque tous établis à Clermont-Ferrand.
