Im 16. Jahrhundert erreicht die Reformation die Auvergne, setzt sich aber dort nicht fest
Im Puy-de-Dôme wird schon 1537 ein verdächtiges Buch in Clermont-Ferrand verbrannt. 1547 wird Jean Bruguiére in Issoire als Häretiker bei lebendigem Leibe verbrannt. Zwischen 1549 und 1559 wandert eine Handvoll Reformierte aus der Auvergne nach Genf aus.
Maringues, dessen Einwohner zu 75% protestantisch sind, hat eine evangelische Kirche und zwei Pastoren.
Im Puy feiert 1554 ein großer Teil der Handwerker, Strickwarenhändler und Messerfabrikanten den reformierten Gottesdienst.
Vor 1555 werden mehrere Einwohner dort als Häretiker hingerichtet. Ab 1560 ist die Hochebene der Haute-Loire für die Reformation gewonnen. In Saint-Voy bekehrt sich der Priester, der auch der von Chambon-sur-Lignon ist, nach einem Aufenthalt in Genf zur Reformation.
In Issoire hinterlassen die Religionskriege unersetzliche Schäden: es wird 1575 von dem hugenottischen Kapitän Merle eingenommen, und dann bei der Wiedereinnahme von den katholischen Truppen des Herzogs von Anjou zerstört.
Das Edikt von Nantes gesteht den Reformierten eine Kirche in Paillat zu; in Parentignat wird den protestantischen Familien der Gegend von Issoire ein Gottesdienstort in einem Privathaus erlaubt.
In La Gazelle, in der Haute-Auvergne, empfängt ein anderer Gottesdienstort die Gläubigen, die zwischen Aurillac und Brioude zerstreut sind.
In der Haute-Loire ist die Anwendung des Ediktes von Nantes für die Protestanten nicht günstig. Im 17. Jahrhundert gibt es nur noch die Gemeinden von Chambon-sur-Lignon und von Mazet-Saint-Voy. Mit Ausnahme der Letzteren zählt die Gesamtheit der kleinen Gemeinden etwa 4000 Protestanten. Bis etwa 1660 herrscht ein gewisser „modus vivendi“. Aber schon 1683, vor der Aufhebung des Ediktes von Nantes, organisiert sich dort der passive Widerstand der Bevölkerung nach dem Losungswort von Claude Brousson. Man predigt in den „Bruchbuden der evangelischen Kirchen“, wenn diese zerstört sind.
Nach der Aufhebung des Ediktes von Nantes schwören die Protestanten massiv ab. Danach entsteht wieder religiöses Leben, geheime Versammlungen der „Wüste“ finden rund um Chambon statt. Schon vor dem Toleranzedikt von 1787 wurden die reformierten Protestanten akzeptiert und durften sich versammeln. 1802 zählt man 2200 Protestanten in Saint-Voy, 1984 in Chambon, aber in der gesamten Auvergne gibt es nur noch etwa hundert Protestanten, von denen fast alle in Clermont-Ferrand leben.
