Der Prager Fenstersturz
1608 gründeten die protestantischen Fürsten unter dem Direktorium Friedrichs V, des Kurfürsten von der Pfalz, eine Union. Die katholischen Kurfürsten gründen daraufhin die Liga unter Führung Maximilians von Bayern. 1609 erlässt Kaiser Rudolf II den Majestätsbrief, der den böhmischen Ständen Religionsfreiheit erteilt. Als sein Nachfolger, Kaiser Matthias, dies nicht mehr respektierte und die Protestanten sich dagegen wehrten, kam es 1618 zur dritten Prager Verteidigung (die ersten beiden waren 1419 und 1483), die als Auftakt zum Dreiβigjährigen Krieg angesehen wird.
Nach dem Tode Kaiser Matthias‘ (1612-1619) wird dessen Nachfolger Ferdinand II. in Böhmen nicht anerkannt, dort wählen sie stattdessen Friedrich V, den Kurfürsten von der Pfalz, zum böhmischen König. In der Schlacht am Weiβen Berge werden die Protestanten vernichtend geschlagen (1620).
1625 tritt Christian IV, König von Dänemark, an die Spitze der Protestanten. Die siegreichen katholischen Feldherren Tilly und Wallenstein drängen die Dänen zurück (Frieden zu Lübeck 1629). Nach diesem Triumph der katholischen Seite ist das Haus Habsburg auf dem Gipfel seiner Macht, die sich schon zuvor über Österreich-Böhmen-Ungarn, den gröβten Teil Italiens, Spanien und die Spanischen Niederlande erstreckte.
Das Eingreifen Schwedens und Frankreichs
Das Restitutionsedikt Ferdinands II (1625) verfügt die Rückgabe aller von den Protestanten eingezogenen geistlichen Güter und führt zu neuen Feindseligkeiten. Der schwedische König Gustav II Adolf, überzeugter Lutheraner und finanziell von Richelieu unterstützt, greift aus Solidarität mit den protestantischen Fürsten (und um die Ostsee vor den Habsburgern zu schützen) ein. Nach überwältigenden Siegen über die katholische Seite fällt er in der Schlacht bei Lützen (1632).
Als sich die Waagschale zugunsten der Kaiserlichen neigt, greift das Frankreich Richelieus in den Krieg gegen das Reich ein. Condé siegt bei Rocroi (1643) gegen die Spanier, die nach Paris marschieren, während Turenne und die Schweden in Böhmen und Bayern einfallen.
Der Westfälische Frieden setzt 1648 den Feindseligkeiten ein Ende. Die Verhandlungen zwischen den Vereinten Provinzen und Spanien einerseits und Frankreich und dem Hl. Römischen Reich Deutscher Nation andererseits beginnen in Münster (1644) ; zwischen Schweden und dem Reich wird in Osnabrück verhandelt (1645). Frankreich erhält die Bistümer und Städte Toul, Metz und Verdun, die sogenannten Trois-Evêchés, welche es tatsächlich schon seit 1552 besaß. Ferner trat der Kaiser alle Rechte auf die Stadt Breisach, das Elsass und den Sundgau ab; nach dem Mantuanischen Erbfolgekrieg war 1631 auch Pignerol (Piemont) zu Frankreich gekommen. Schweden dehnt sich an der Ostseeküste aus, erhält den westlichen Teil Vorpommerns, der östliche wird von Brandenburg annektiert. Die volle Unabhängigkeit der Niederlande und der Eidgenossenschaft wird anerkannt.
Die Habsburger gehen aus diesem Krieg sehr geschwächt hervor. Deutschland ist verwüstet, politisch uneins und hat etwa ein Drittel seiner Bevölkerung verloren.