Ab 1524 nimmt die Gemeinde die Ideen der Reformation auf. Wolfgang Capiton ist ihr erster Pastor. Im Jahre 1682 wird das Gebäude zwischen lutherischen und katholischen Gottesdiensten aufgeteilt, die letzteren dürfen den Chor benutzen; eine Mauer trennt danach das Kirchenschiff und den Chor.
Mitte des 19. Jahrhunderts wird die Kirche auf Initiative von Pastor Friedrich Hormig zum führenden Ort der lutherischen Erweckungsbewegung, die die Geschichte der Gemeinde stark prägt. Als die katholische Gemeinde 1895 in ein neues Gebäude umzieht, werden die wiedervereinigte Kirche sowie das Kloster unter der Leitung des Architekten Carl Schäfer völlig restauriert.
