Le premier évêque de Strasbourg, saint Amand (Amandus), y aurait célébré. Les chanoines de Rhinau, chassés par les crues du Rhin, s’y installent au XIVe siècle.

L’église devient protestante dans la première moitié du XVIe siècle. En 1682, le chœur est affecté aux catholiques et un mur coupe l’église en deux : les protestants célèbrent alors le culte dans la nef. Dans la seconde moitié du XIXe siècle, l’évolution démographique impose la construction d’un nouveau lieu de culte pour les catholiques.

Ce lieu de culte est édifié à partir de 1867 à la perpendiculaire de l’ancien chœur par l’architecte Jean-Geoffroy Conrath. En octobre 2012, pour symboliser le dialogue œcuménique, il est décidé d’ouvrir la porte séparant les deux églises.