La Réforme combattue
Le Parlement de Dôle mène la vie dure aux premiers partisans de la Réforme, prêtres et maîtres d’école. Pendant toute la fin du XVIIe siècle et jusqu’en 1787 règne la répression qui fait de la Franche-Comté le bastion de la Contre-Réforme.
À Besançon, une église clandestine n’a qu’une existence éphémère.
La Franche-Comté aurait pu rester vide de protestants, mais peu avant la Révolution, une forte immigration suisse dont beaucoup d’artisans horlogers, donne naissance à la première communauté réformée. Au début du XIXe siècle on comptait environ 2 500 fidèles.
L’actuel temple de Besançon est l’ancienne église de l’hôpital du Saint-Esprit (XVe-XVIIIe siècle) mis à la disposition des protestants en 1805.
Une place à part dans cette région doit être faite au pays de Montbéliard, ex-principauté sous l’autorité des ducs-princes de Montbéliard, annexée à la France en 1793.
Le pays de Montbéliard
Le pays de Montbéliard de langue française passe sous la suzeraineté des ducs de Wurtemberg par mariage en 1397.
C’est en 1034 qu’apparaît Montbéliard en tant que seigneurie. Elle appartenait à un héritier des ducs d’Alsace, Louis de Mousson.
À la mort de son fils Thierry Ier, ses domaines furent partagés entre ses trois fils dont l’un, Thierry II hérite de Montbéliard qui est érigé en comté en 1162. Une de ses filles, Sophie en hérite et l’apporte en dot à son époux Richard de Montfaucon, issu d’un puissant lignage implanté dans l’Est et le Nord-Est du comté de Bourgogne, autour de son fief, Montfaucon, situé à peu de distance de Besançon. Ce sont donc les Montfaucon-Montbéliard qui règnent sur le comté jusqu’en 1397. Le dernier comte, Étienne, meurt après ses quatre enfants. C’est une de ses petites-filles, Henriette, comtesse de Montbéliard, qui épouse en 1397, Éberhard IV de Wurtemberg. C’est ainsi que le comté passe sous la suzeraineté d’une famille qui y introduit la réforme luthérienne à partir de 1525 pour l’officialiser en 1539.
Héricourt
Le comté de Montbéliard comporte cinq seigneuries, Clermont, Blamont, Héricourt, Châtelot, Etobon. Dans le cadre de la conquête de la Franche-Comté par Louis XIV, le comté est arraché au duc de Wurtemberg en 1676 et lui est rendu en 1684.
La souveraineté des Wurtemberg sur le pays de Montbéliard s’achève en 1793. Dès 1790 la France a annexé les seigneuries. Le 10 octobre 1793, Bernard de Saintes, député de la Convention, prend pacifiquement possession de Montbéliard que le duc Frédéric Eugène avait quitté en 1792 pour s’allier à la coalition contre la France.
Dès lors le Pays de Montbéliard est divisé et réparti entre trois départements : le Doubs, la Haute-Saône et le Haut-Rhin afin d’affaiblir la prééminence protestante dans cette région.
En 1871, le sud du Haut-Rhin devient le territoire de Belfort.
