Die Einfachheit des Gebäudes zeugt vom Ideal der Armut dieses Ordens. Im Jahre 1331 wird Saint-Guillaume zur Gemeinde der Binnenschiffer- und Fischergilden, wie der Anker bezeugt, der die Spitze des Kirchturms ziert.

Ab 1534 wird dort der protestantische Gottesdienst gefeiert. Das dazugehörige Kloster beherbergt von nun an das Internat der Hochschule, heute das Gymnasium Jean Sturm. Die musikalische Tradition wird hier sehr gepflegt.

1895 gründet Eugène Munch einen Kirchenchor, der zur Wiederentdeckung der Musik von Johann Sebastian Bach beiträgt. Dieses Ensemble, dessen Organist Albert Schweitzer ist, erlangt internationale Anerkennung.

An jedem Karfreitag führt die Gemeinde eine bemerkenswerte Passion des deutschen Meisters auf.