Mülhausen als reformierte Stadt
1518 beginnen sich gebildete Kreise für die Schriften Luthers zu interessieren. Zwingli in Zürich und Oekolampad in Basel verwandeln ihre Städte in „wahrhaft christliche“ Gemeinwesen. Der Straßburger Magistrat erlaubt die Feier des Gottesdienstes nach den neuen Prinzipien neben den traditionellen katholischen Messen.
In Mülhausen veröffentlicht der Magistrat im Juli 1523 Richtlinien, in denen festgehalten wird, dass der Christ allein an das Wort Gottes gebunden sei, sein Heil allein von diesem Wort erwarten solle und dass die Geistlichen ausschließlich die Heilige Schrift lehren dürften. Dieses Jahr 1523 gilt daher als Beginn der Reformation in Mülhausen.
1526 muss das Bündnis mit den Schweizer Kantonen turnusmäßig erneuert werden. Nach einem in Baden abgehaltenen Kolloquium verweigern die katholischen Kantone die Verlängerung, sodass das Bündnis nur mit den reformierten Kantonen erneuert wird. Der Neuenburger Prediger Guillaume Farel, der sich in Mülhausen aufhält, ermutigt die Behörden, in der Verkündigung vor allem die christliche Nächstenliebe zu betonen.
Während Bern radikale Maßnahmen wie die Abschaffung der Messe ergreift, geht Mülhausen – wie Basel – schrittweise vor. Der Hauptgottesdienst beginnt mit einem Gemeindelied und endet mit dem Abendmahl. Lateinische Gesänge sind nicht verboten, müssen jedoch übersetzt und erläutert werden.
1529 setzt sich jedoch eine radikalere Strömung durch: Die Messe wird abgeschafft, die letzten – weitgehend verlassenen – Klöster werden geschlossen. Als „Götzenbilder“ betrachtete Kunstwerke werden entfernt, gesichert oder teilweise zerstört. Von diesem Zeitpunkt an ist Mülhausen vollständig reformiert und bleibt dies bis zur Angliederung an Frankreich im Jahr 1798.
Das Bündnis mit den Schweizer Kantonen
Aus Angst vor einer Intervention kaiserlicher Vertreter beantragt die Stadt 1529 die Aufnahme in die besondere Allianz, die sogenannte „christliche Burgrechtsgemeinschaft“, welche die reformierten Kantone Zürich und Bern zur gegenseitigen Verteidigung gegen die von Österreich unterstützten katholischen Kantone geschlossen hatten.
Als der Konflikt in einen Bürgerkrieg ausartet, entsendet Mülhausen ein Kontingent von 100 Soldaten. Nach der Niederlage der Zürcher in der blutigen Schlacht von Kappel (Oktober 1531), bei der Zwingli fällt, beendet der Friedensvertrag die Hoffnung der Protestanten auf eine gesamte Eidgenossenschaft im Zeichen der Reformation, bestätigt jedoch die Religionsfreiheit der reformierten Kantone.
Aus theologischer Sicht stehen die Mülhausener Theologen meist in Übereinstimmung mit den Eidgenossen, die in der „Confessio Helvetica“ in der Erinnerung an Zwingli verwurzelt bleiben. Zugleich bestehen enge Beziehungen zu Straßburg, wo Bucers Bemühungen um eine Annäherung an Luther unterstützt werden.
1556 übernimmt Mülhausen gemeinsam mit allen reformierten Kantonen die von Bullinger verfasste „Confessio Helvetica posterior“, die nach langen Verhandlungen eine Verständigung mit Calvin ermöglicht – näher bei Luther als bei Zwingli.
Während des gesamten 16. Jahrhunderts folgt Mülhausen den in Basel etablierten kirchlichen Ordnungen.
Dank des Bündnisses mit den Schweizern kann sich die Stadt von den Religionskriegen in Deutschland fernhalten, wo Kaiser Karl V. gegen die lutherische Bewegung vorgeht. Der Augsburger Religionsfrieden von 1555 beendet diese Konflikte und ermöglicht dem deutschen Luthertum einen neuen Aufschwung. Gleichzeitig entwickelt sich Mülhausen wirtschaftlich sehr günstig.
In Frankreich brechen die Religionskriege aus. Kurz nach der Bartholomäusnacht finden die drei Söhne und der Neffe des Admirals Coligny in Mülhausen Zuflucht, als Schüler verkleidet, auf dem Weg nach Basel und Genf.
Die letzten Jahre des 16. Jahrhunderts sind von inneren Spannungen und Versuchen einer katholischen Rückkehr geprägt. 1597 erklärt Kaiser Rudolf II., das Bündnis mit der Eidgenossenschaft sei hinfällig und Mülhausen müsse vollständig ins Reich zurückkehren. Die Stadt versteht es jedoch, ihre Beteiligung an der Erneuerung des Bündnisses mit Frankreich durchzusetzen, das am 31. Januar 1602 in Paris unterzeichnet wird.
Durch seinen Gesandten in Prag lässt Heinrich IV. dem Kaiser mitteilen, dass weitere Ansprüche zwecklos seien, womit die zahlreichen Annexionversuche beendet werden.
Mülhausen und das Königreich Frankreich
Nach dem Westfälischen Frieden (1648) wird das Elsass schrittweise Frankreich angegliedert – mit Ausnahme von Mülhausen, dessen Unabhängigkeit bestätigt wird.
Die Aufhebung des Edikts von Nantes im Jahr 1685 führt zu einem Zustrom von Flüchtlingen. Da Mülhausen jedoch nicht ausreichend sicher erscheint, lassen sich nur wenige Familien dauerhaft nieder; die meisten gehen in die Schweiz ins Exil.
Die Politik Ludwigs XIV. ruft sowohl in der Eidgenossenschaft als auch in Mülhausen große Besorgnis hervor. Die Stadt liegt nun inmitten der neuen französischen Provinz, deren Verwaltungssitze sich in Straßburg und Colmar befinden.
Die Zukunft der kleinen Republik hängt von der Haltung der Schweizer Kantone in den Kriegen der Augsburger Liga (1686) und des Spanischen Erbfolgekriegs (1701) ab. Trotz konfessioneller Spannungen bewahren die Kantone ihre Neutralität.
Mülhausen bleibt in den Friedensverträgen stets als Verbündeter der Eidgenossenschaft erwähnt. Nach dem Tod Ludwigs XIV. werden die Verträge zwischen Frankreich und der Schweiz erneuert, wobei überraschend auch Mülhausen ausdrücklich einbezogen wird.
Mülhausen als konservative Stadt
Das unabhängige Mülhausen bleibt ein streng reformiertes Zentrum. Theologiestudenten werden in Basel oder Heidelberg ausgebildet. Die Bevölkerung lebt unter strenger Disziplin: Sonntags ist das Verlassen der Stadt während des Gottesdienstes verboten. Luxus wird bekämpft, Kleidung muss schlicht sein, selbst die festlichste Hochzeit darf nicht mehr als 60 Gäste umfassen.
Religiöse Neuerungen werden abgelehnt; Pietisten und Herrnhuter werden verbannt. Die Stadt duldet keine Abweichungen von ihrem konfessionellen Charakter. Als Reaktion auf die ablehnende Haltung Straßburgs gegenüber den Reformierten werden lutherische Gottesdienste verboten.
Die Schulreform ist abgeschlossen, bleibt jedoch stark religiös geprägt und steht im Gegensatz zur gleichzeitig gegründeten Straßburger Hochschule.
Mülhausen im Wandel
Im 18. Jahrhundert wächst die Stadt durch den Beginn der Industrialisierung wirtschaftlich stark.
Die moralische Strenge, die starre soziale Hierarchie des Bürgertums und die veralteten Verwaltungsstrukturen verändern sich unter dem Einfluss des rationalistischen und kritischen Geistes der Aufklärung. Die Frage der religiösen Toleranz wird diskutiert, doch bleibt die Öffnung gegenüber dem katholischen Kult vom Magistrat abgelehnt.
Predigten im Tempel St. Stephan betonen die bürgerliche Moral, den Vorteil der republikanischen Freiheit und den Vergleich mit den als despotisch dargestellten Monarchien, während gleichzeitig ein Rückgang der Religiosität beklagt wird.
Ab 1657 werden Gottesdienste in französischer Sprache eingeführt. Die Stadt stellt den Chor der Franziskanerkirche einer französischen calvinistischen Gemeinde zur Verfügung, bestehend aus hugenottischen Familien und einer Garnison aus Breisach. 1679 wird eine französische Schule eröffnet.
Allmählich prägen französischer Protestantismus sowie elsässische und schweizerische Frömmigkeit einander gegenseitig.
Der Anschluss von 1798 und das Ende des „alten Mülhausen“
Die Wirtschaftskrise von 1788 erfasst auch das Elsass. Der harte Winter 1788/89 führt zu einem Einbruch in Handwerk und Produktion. Arbeitslosigkeit und steigende Getreidepreise destabilisieren die Lage zusätzlich.
Im Umfeld der revolutionären Umbrüche spitzt sich die Lage zu. Die Verwaltungsreformen der Nationalversammlung bedrohen die Zollgrenzen, was insbesondere von Colmar unterstützt wird. Mülhausen lehnt die Assignaten ab und steht unter Verdacht, Geistliche und Deserteure zu beherbergen.
Eine von der Stadt vorgeschlagene Zollgrenze wird in Paris abgelehnt; es kommt zu einer Blockade mit steigenden Preisen und wirtschaftlichem Niedergang. Viele Arbeiter verlassen die Stadt.
Schließlich führt eine Kombination aus politischen, wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Faktoren dazu, dass der Große Rat der Stadt im Januar 1798 mit 97 zu 5 Stimmen den Anschluss an Frankreich beschließt.
Eine der Folgen ist die Öffnung der Stadt für Juden und Katholiken. Der katholischen Bevölkerung – etwa 600 Personen – wird der Chor der Franziskanerkirche überlassen, die den Namen Kirche Sainte-Marie erhält.