Da die Protestanten von La Rochelle zu zahlreich geworden waren, um sich in Privathäusern zu versammeln, erhalten sie 1561 die Erlaubnis, die Kirchen Saint-Sauveur und Saint-Barthélemy als Gottesdienstorte zu nutzen. Einer Absprache mit den Katholiken folgend, „wenn die einen hinausgingen, gingen die anderen hinein“ und die Dinge liefen „in großem Frieden“ ab.

Diese Situation dauert nur kurze Zeit an: einige Wochen 1561 und 1562. Erst mit dem Edikt von Amboise (19. Mai 1563) gestattet ein Edikt des Königs den Protestanten, sich öffentlich in den Sälen Saint-Michel und Gargoulleau zu versammeln.

Im Jahre 1568 zwingt der Bürgermeister François Pontard die Einwohner von La Rochelle, sich der Partei von Louis de Condé anzuschließen: die Stadt wird in einen Verteidigungszustand versetzt, die Kirchen werden zerstört und ihre Steine verwendet, um die Stadtmauern zu verstärken. Nur die Glockentürme werden bewahrt, denen ein strategisches Interesse innewohnt und die als Wachttürme dienen können. Die Zerstörungen erklären das heutige Aussehen der Kirche Saint-Sauveur, deren Glockenturm als einziger Zeugnis vom 15. Jahrhunderts gibt, während der Rest des Gebäudes nach einem schweren Brand im 18. Jahrhundert wieder aufgebaut wurde.