Ein liberaler Pastor
Er wurde besonders im Rahmen des Liberalen Komitees [Comité libéral] tätig. In der Glaubenslehre nahm er eine extrem « linke » Haltung ein, und die von ihm geleitete Gemeinde entwickelte sich fast zu einer unabhängigen Kirche. In seinen zahlreichen geistlichen Werke gibt er sich – wie viele liberale Protestanten seiner Zeit – als freischwebender Mystiker zu erkennen. Die Krankheit und der Tod seines Sohnes inspirierten ihn zu seinem Buch L’Âme des choses (Die Seele der Dinge). Ein weiteres Buch von ihm – L’Ami. La vie simple (Der Freund. Das einfache Leben – Paris, Armand Colin, 1895) – hatte einen so großen Erfolg, daß Theodore Roosevelt, der Präsident der Vereinigten Staaten, ihn zu einer (triumphalen) Tournée durch die USA und sogar zu sich ins Weiße Haus einlud.
Mit den in Frankreich und in den Vereinigten Staaten gesammelten Spenden gründete Charles Wagner in Paris die Gemeinde Le Foyer de l’Âme (Die Heimstatt der Seele) in der Rue Duval (seit 1924 : Rue du Pasteur Wagner), deren Tempel mit 1200 Sitzplätzen vom Ruf des Predigers zeugt.
1906 organisierte er mit Wilfred Monod das « Treffen von Jarnac », auf dem er sich für die kirchliche Einheit aussprach. Daraus entstand die Nationale Union der Reformierten Kirchen, deren Ehrenvorsitzender er wurde.
