Das kirchliche Leben
Das Leben der reformierten Kirchen entspricht dem im 16. Jahrhundert. Ihre Leitung liegt bei einer Reihe von Instanzen auf lokaler (Konsistorium), regionaler (Provinzialsynode) und nationaler Ebene (Nationalsynode). All diesen Instanzen gehören mindestens so viele Laien wie Pfarrer an. Die Organisation der reformierten Kirchen, die nach dem „presbyterial-synodalen“ System verfasst sind, unterscheidet sich stark von der sehr hierarchischen Verfassung der katholischen Kirche. Ab 1614 wird das Leben der reformierten Kirchen von der königlichen Obrigkeit kontrolliert und eingeschränkt, was zu Schwierigkeiten bei den Finanzen und bei der Einberufung der nationalen Synoden führt.
Etwa 700 Pastoren betreuen die Städte und Marktflecken, in denen die Religionsausübung durch das Edikt von Nantes erlaubt ist. Sie wohnen dort mit ihrer Familie, soweit sie verheiratet sind. Ihre Aufgabe ist im Wesentlichen theologischer Natur, d.h. sie predigen am Sonntag und mehrmals unter der Woche und unterrichten Kinder und Erwachsene im Katechismus. Durch die im Laufe des Jahrhunderts wachsenden finanziellen Schwierigkeiten wird die wirtschaftliche Lage der Pfarrer immer prekärer, wenn sie nicht aus einer wohlhabenden Familie stammen. Bei der Aufhebung des Edikts von Nantes werden die Pfarrer vor die Wahl gestellt, abzuschwören oder auszuwandern. Die meisten entscheiden sich dafür, Frankreich zu verlassen.
Die Ausbildung der Pfarrer erfolgt in den reformierten Akademien, deren Zahl sich im 17. Jahrhundert zwischen 3 und 5 bewegt. Es handelt sich um eine Hochschulausbildung, bei der das Sprachenstudium (Hebräisch und Griechisch) zum Lesen der Bibel im Originaltext eine bevorzugte Stellung einnimmt. Manche Akademien, wie die von Saumur, entfalten eine Ausstrahlung weit über Frankreich hinaus und ziehen auch zahlreiche ausländische Studenten an.
Die Kontroverse mit den Katholiken beschäftigt die Pfarrer stark, sowohl in ihren Predigten als auch in ihren Schriften. Dort widerlegen Katholiken und Protestanten einander gegenseitig. Im Laufe des 17. Jahrhunderts erscheinen mehr als 7 000 Werke, die sich mit der Kontroverse beschäftigen. Auf protestantischer Seite sind die wichtigsten Beteiligten die Pfarrer der Kirche in Charenton, wie Pierre du Moulin oder Jean Claude, und die Professoren an den Akademien. Auf Seite der Katholiken nehmen von Anfang an die Jesuiten aktiven Anteil an der Kontroverse, dann auch Bossuet und die Jansenisten.
Pierre du Moulin ist der erste Pfarrer der Kirche in Charenton (die die Kirche von Paris ist) und wird dann Professor an der reformierten Akademie Sedan. Als hoch- geschätzter Redner wird er als Seelsorger von Catherine de Bourbon, der Schwester Heinrichs des IV., die Hugenottin ist, berufen.
Die gemeinschaftliche Religionsausübung der Reformierten findet in der Kirche statt. Dorthin kommen die Gläubigen zur Predigt und Feier der Sakramente und zum Katechismus. Die Religionsausübung findet jedoch auch im privaten Kreis oder in der Familie statt, wobei das Lesen der Bibel und das Singen von Psalmen im Mittelpunkt stehen.