A la suite de la Révocation de l’édit de Nantes en 1685, les protestants de France se sont exilés ou ont abjuré. Cependant, parmi ceux qui ont abjuré, certains continuent à pratiquer en secret : lecture de la Bible en famille et assemblées clandestines du Désert. Cette pratique religieuse clandestine est sévèrement réprimée, lorsqu’elle est découverte et nombreux sont les martyrs de la foi. Cependant progressivement les Églises se reconstituent sous l’impulsion d’Antoine Court et de nouveaux pasteurs sont formés au séminaire de Lausanne.