Le synode national de 1559 se réunit à Paris dans la clandestinité. Il adopte une déclaration de foi inspirée par Jean Calvin et une discipline qui fixe l’organisation des Églises réformées en France.

La base de l’Église est l’assemblée des fidèles de l’Église locale qui élit les membres du consistoire ou « conseil des anciens ». Ce consistoire élit le pasteur, qui le préside, et choisit ses représentants au « colloque » qui réunit quelques église locales. C’est également le conseil des anciens qui élit les délégués au synode provincial, leur réunion formant le synode national.

Les synodes provinciaux règlent les questions disciplinaires régionales, le synode national statue en dernier ressort et dispose de l’autorité doctrinale. Conséquence logique du sacerdoce universel, ces assemblées sont composées de laïcs et de pasteurs.