Jean Pappus est nommé professeur d’hébreu à la Haute École à l’âge de 20 ans, avant qu’il n’ait obtenu son doctorat. Il est proche de Jean Marbach, doyen de la Faculté de théologie et évêque de la Compagnie des pasteurs (l’Église de Strasbourg). Il quitte ce poste rapidement pour devenir professeur d’histoire, puis professeur de théologie et prédicateur à la cathédrale. Après la mort de Marbach en 1581, Pappus lui succède dans ses fonctions : il est doyen de la Faculté de théologie et président de l’Église.
Comme Marbach, Pappus adhère à l’orthodoxie luthérienne. Sa dispute publique avec Jean Sturm, recteur de la Haute École depuis 1538 qui soutient une plus grande ouverture théologique, mène au licenciement de ce dernier en 1581.
En 1598, en tant que président de l’Église, Pappus conduit Strasbourg à souscrire à la Formule de Concorde, qui fait du luthéranisme la religion officielle de la ville et qui condamne les autres courants protestants, notamment le calvinisme.
En tant que bibliste et hébraïsant, Pappus publie en 1593 un commentaire de l’ensemble des livres prophétiques de l’Ancien Testament.
Malgré la brièveté de son commentaire sur les livres prophétiques de l’Ancien Testament, Jean Pappus ne manque pas d’examiner certains mots hébraïques importants pour la compréhension des différents versets. Ce commentaire est fondé sur les cours donnés par Pappus à la Haute École de Strasbourg, ainsi qu’en témoigne le titre de l’ouvrage.
