Elle était au XVIe siècle formée de la moitié des ailes Sud et Ouest. Les sculptures qui ornent ces deux parties de façade, figures allégoriques, têtes d’enfants et d’animaux, du sculpteur protestant Jean Goujon, né vers 1510 et mort en 1567, sont parmi les plus beaux vestiges de la Renaissance française.

Les ailes Nord et Est de la cour furent édifiées au XVIIe siècle sur des plans de Lemercier et Le Vau. La façade est de la cour est fermée par la colonnade de Perrault édifiée de 1667 à 1678.

Rue de l’Amiral de Coligny, en face de la colonnade du Louvre, se dresse l’église Saint-Germain l’Auxerrois, ancienne église du Louvre et paroisse des rois de France, édifiée du XIIe au XVIe siècle. Le porche et la nef sont de style gothique flamboyant. C’est du clocher de l’église que sonnèrent les matines qui donnèrent le signal du massacre de la Saint-Barthélemy dans la nuit du 23 au 24 août 1572.

Ce clocher roman de faible hauteur n’est pas très visible. Sa base à l’intérieur de l’église est située dans l’angle du transept droit et du chœur. Le clocher ne doit pas être confondu avec le beffroi de 38 mètres de haut de la mairie du 1^er arrondissement : celui-ci, construit en 1858 dans le style Renaissance, est situé entre l’église et la mairie.

C’est dans la rue des Fossés Saint-Germain, actuellement la rue Perrault qui longe la mairie, qu’eut lieu l’attentat contre Coligny qui fut blessé au bras par un tir d’arquebuse le 22 août 1572.