Saintes
Dès 1555-1563, les communautés protestantes se multiplient, notamment à Saintes, grâce à Bernard Palissy, qui s’y est établi en 1542 comme maître-verrier, et au pasteur Philippe Hamelin. En 1546, Nicole Maurel, ancien célestin et régent du collège de Guyenne y est martyrisé.
Saint-Jean-d’Angely est une place forte protestante, assiégée en 1569 par Charles IX. Près de Saint-Jean d’Angely, des inscriptions huguenotes subsistent à Coivert (logis de Tabarit) et dans la grange de Villeneuve-de-Mazeray.
À Soubise, l’actuelle mairie est l’ancienne maison de Catherine de Parthenay, épouse de René II de Rohan.
À Saint-Germain-de-Seudre, le château de Roussillon conserve une inscription biblique au-dessus de la porte d’entrée.
Au XVIIe siècle, on compte des communautés protestantes à Marans, Surgères, mais aussi à l’Ile de Ré, l’Ile d’Oléron, Rochefort, Marennes, la Tremblade, Pons, Barbezieux, Jonzac…
Brouage
Le plus important port du sel sert de base à Richelieu lors du siège de La Rochelle. Le site sert de prison aux réformés. Des graffitis sont encore visibles dans la forge-prison, dont celui de Marguerite Rivet.
La Révocation de l’Édit de Nantes entraîne des départs en masse (près de 24 000). Des assemblées clandestines s’organisent, particulièrement autour d‘Arvert et entraînent des persécutions pour « crime d’assemblées » en 1690, mais aussi 1705, 1738, 1746 et 1755. Le pasteur Louis Gibert inaugure alors les réunions dans des « maisons d’oraisons », granges aménagées ou édifices construits spécialement.
Lors du Concordat, on ne compte plus que 14 000 protestants en Charente-Maritime.