Nach anfänglicher Unterstützung der Bruch mit dem Regime von Vichy
Die Reformierte Kirche Frankreichs (ERF) bekräftigt „die Notwendigkeit, Frankreich in diesem ihm aufgezwungenen Krieg zu stützen“ („la nécessité de soutenir la France dans cette guerre qui lui a été imposée“). Nach dem Zusammenbruch der französischen Armee im Juni 1940 hat das Regime von Vichy den Anschein der Legitimität und manche Themen der „Révolution Nationale“, wie die Devise „Travail, Famille, Patrie“ („Arbeit, Familie, Vaterland“) werden eine Zeit lang von einigen Pfarrern wohlwollend aufgenommen. Wie die Mehrheit der Franzosen steht auch der protestantische Bevölkerungsteil im Sommer 1940 hinter dem Marschall, ist „maréchaliste“.
Der Bruch mit dem Vichy-Regime erfolgt bereits im Herbst 1940, ausgelöst durch die antisemitische Gesetzgebung, die von den leitenden Instanzen im März 1941 offiziell eingeführt wird. Im Namen der ERF richtet Pfarrer Marc Boegner ein Solidaritätsschreiben an Großrabbiner Isaïe Schwartz und ein offizielles Protestschreiben an Admiral Darlan, den Vizepräsidenten des Regierungsrats. Noch weiter gehen die „Thesen von Pomeyrol“ („thèses de Pomeyrol“) (September 1941), die erklären, die bekennende Kirche müsse „jeglichem totalitären und idolatrischen Einfluss“ („toute influence totalitaire et idolâtre“) Widerstand entgegen setzen. Als die Laval-Regierung nach den Juli-Razzien im August 1942 die Deportierung einer großen Anzahl von Juden anordnet, verurteilt die ERF diese Entscheidungen und den Antisemitismus energisch. In der Folgezeit spielt die Cimade eine entscheidende Rolle bei der Hilfe für Flüchtlinge und Juden.
Der Widerstand in und außerhalb Frankreichs
Der militärische Widerstand ist auch nicht stärker als bei der Bevölkerung im Ganzen, und es gibt eigentlich keinen „protestantischen Maquis“, abgesehen von einigen Zufluchtorten oder Widerstandsnestern in Gebieten mit starker protestantischer Tradition, für die Le Chambon-sur-Lignon, ein Dorf im Vivarais, beispielhaft steht. Es handelt sich vor allem um einen zivilen, geistigen Widerstand gegen das Vichy-Regime mit der Hilfe zahlreicher „Netze“. Die verschiedenen, von André Philip ins Leben gerufenen „groupes d’études“ („Studiengruppen“) führen im Februar 1943 zur Bildung eines „Comité Général d’Études “ („Allgemeines Studienkomitee“), dem zahlreiche Protestanten angehören und das über die rechtlichen, politischen und wirtschaftlichen Probleme nachdenkt, die sich nach der Befreiung stellen werden.
Außerhalb Frankreichs ist der Anteil der Protestanten an den „Forces Françaises Libres“ (freie französische Streitkräfte) und in der Umgebung von General de Gaulle beträchtlich. Mehrere Persönlichkeiten spielen eine wesentliche Rolle, insbesondere Pfarrer Frank Christol und André Philip. Die Zahl der für Frankreich gefallenen Protestanten lässt sich nur schwer schätzen, im Allgemeinen wird er jedoch höher als der nationale Durchschnitt angenommen. Mehreren Protestanten wurde die Auszeichnung „Compagnons de la Libération“ verliehen. Zahlreiche Protestanten wurden in deutsche Konzentrationslager deportiert.
Die Befreiung
Bei der Befreiung gehören zahlreiche Protestanten den neuen Verwaltungsbehörden an, und angesichts gewisser Exzesse bei der politischen Säuberung greifen viele Pfarrer, die im Widerstand engagiert waren, ein und bemühen sich um eine weniger übereilt verfahrende Justiz.
André Encrevé stellt die Haltung der Protestanten während des Zweiten Weltkriegs wie folgt dar : In seiner Antwort vom 17. Juni 1945 auf eine Botschaft, die die Nationalsynode der Église Réformée de France (Reformierte Kirche Frankreichs) an ihn gerichtet hat, schreibt General De Gaulle, während des Krieges sei es „dem französischen Protestantismus gelungen, eine klare Sicht des wahren Interesses und der heiligen Pflicht des Vaterlandes zu bewahren. Diese Haltung entsprach dem Geist der Unabhängigkeit, des Widerstands gegen Unterdrückung, der Treue zur Fahne, die die Tradition Ihrer Kirchen beseelt“ « le protestantisme français a su garder la claire vision de l’intérêt véritable et du devoir sacré de la patrie. Cette attitude était conforme à l’esprit d’indépendance, de résistance à l’oppression, de fidélité au drapeau, qui anime la tradition de vos Églises »).