Jean Calvin gründet dort im Jahre 1538 die französische Gemeinde. Ab 1681 beherbergt die Kirche die lutherische Gemeinde der Kathedrale und nimmt den Namen Neue Kirche an.

In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts und im 19. Jahrhundert wird das Gemeindeleben von den Pastoren Jean-Laurent Blessig und François Haerter geprägt.

Im Jahre 1835 wird die wertvolle Stadtbibliothek von Straßburg in dem großen zweckentfremdeten Chor der Neuen Kirche eingerichtet, der schon die durch die Sammlung von Jean-Daniel Schoepflin angereicherte Universitätsbibliothek beherbergte. In der Nacht vom 24. auf den 25. August 1870 zerstört die preußische Artillerie die Kirche. Mehr als dreihundertfünzigtausend Werke werden zerstört. Zwischen 1874 und 1877 baut der Architekt Emile Salomon das Gebäude im neo-romanischen Stil wieder auf.