Bis 1581 wurde die Hochschule von dem Humanisten Jean Sturm geleitet; Martin Bucer, Jean Calvin, Wolfgang Capiton und Caspar Hédion lehrten dort.
Geprägt vom Humanismus und dem protestantischen Glauben besteht das Gymnasium aus einer lateinischen Sekundarschule und einer Primarschule, die zur Redekunst ausbildet, Wissen weitergibt und zur Frömmigkeit erzieht.
Es wird 1566 zur Akademie (und erteilt damit die unteren Universitätsgrade), dann im Jahre 1621 zur Universität (diese besitzt das Promotionsrecht und zählt vier Fakultäten).
