Si l'on ignore les lieu et date de naissance de Jean Goujon, l'on s'accorde à penser qu'il naît vers 1510 en Normandie. Il apparaît en 1540 sur le chantier de l'église Saint-Maclou à Rouen mais il est probable qu'il a commencé plus tôt sa carrière de sculpteur.

En 1544, on le retrouve à Paris au jubé de l'église Saint-Germain-l'Auxerrois où il témoigne de sa parfaite connaissance de l'art antique classique. Les reliefs du jubé, détruit en 1745, sont conservés au musée du Louvre (Déploration du Christ, Les Quatre Évangélistes). L'on retrouve la même fluidité plastique dans le traitement des reliefs de la Fontaine des Innocents (encore en place mais modifiée au XVIII^e siècle - les reliefs du soubassement sont au Louvre), exécutée pour l'entrée du roi Henri II à Paris en 1549. Il exécute aussi les dessins pour les gravures de la relation imprimée de l'entrée royale. À la même époque il travaille avec son atelier au chantier du Louvre. Les figures allégoriques d'inspiration maniériste de l'attique sud développent les principes du bon gouvernement royal (Piété et Justice au musée du Louvre) tandis que celles qui encadrent les œils-de-bœuf de l'attique de l'aile dite Henri II affirment la glorification du roi ( La Renommée, L'Histoire, La Victoire,...). Il travaille aussi à la Tribune des Cariatides de la Salle des Gardes. En effet, les incarcérations qu'il subit en 1552 et 1555, probablement pour fait de religion, ne l'empêchent pas d'être choisi comme sculpteur pour le palais royal du Louvre lorsqu'il est libéré. Il travaille alors avec son atelier à l'attique de la cour carrée. De 1556 à septembre 1562, on le trouve cité chaque année comme sculpteur du chantier du Louvre.

Il est vraisemblable que Jean Goujon quitte la France à la fin de l'année 1562, toujours pour des raisons religieuses. Sa présence est attestée à Bologne fin 1563 et début 1564, où il habite place San Michele près de San Mamolo. L'on perd alors sa trace et l'on suppose que l'artiste disparaît entre 1564 et 1569.